Francesco Cera è clavicembalista, organista e direttore attivo a livello internazionale nel repertorio rinascimentale e barocco. Si è perfezionato con Luigi Ferdinando Tagliavini e con Gustav Leonhardt conseguendo il diploma di solista in clavicembalo al Conservatorio di Amsterdam.
Dal 1991 al 1994 è stato clavicembalista dell’ensemble Giardino Armonico, col quale ha tenuto concerti in tutta Europa. Nel 1996 ha fondato l’Ensemble Arte Musica, specializzato nella musica vocale italiana dal madrigale alle cantate del settecento. Dal 1990 tiene concerti come solista e direttore dell’Ensemble Arte Musica in prestigiose rassegne in tutta Europa. Inoltre ha collaborato col direttore Diego Fasolis, I Barocchisti e il Coro della RSI, prendendo parte alle produzioni discografiche e concertistiche della Radio Svizzera Italiana di Lugano, in qualità sia di continuista che di solista. 

La sua vasta discografia solistica spazia dalle toccate di Frescobaldi al Clavicembalo ben temperato di Bach, dalle sonate di Domenico Scarlatti alle Suites di D’Anglebert.
Come direttore e concertatore ha interpretato di Claudio Monteverdi il Vespro della Beata Vergine, il Combattimento di Tancredi e Clorinda, i Madrigali Guerrieri et Amorosi e il Sesto libro di Madrigali, di Carlo Gesualdo i Responsori e diversi libri di Madrigali, lo Stabat Mater di Pergolesi, cantate, mottetti e oratori di Haendel, Vivaldi, Porpora, Leo, Martini, Carissimi e i Madrigali di Luzzaschi scritti per le dame di Ferrara.

La sua vasta discografia solistica spazia dalle opere per tastiera di Frescobaldi al Clavicembalo ben temperato di Bach, dalle sonate per clavicembalo di Domenico Scarlatti alle Suites di D’Anglebert, e come direttore dai Responsori di Carlo Gesualdo alle
Ha tenuto corsi e seminari per la Royal Academy of Music di Londra, l’Academia de Organo Echevarria (Spagna), l’Accademia d’organo di Smarano, l’Oberlin Conservatory, la Yale University, l’Eastman School of Music a Rochester, l’Arizona State University e il Conservatorio di Cincinnati.